Le Marathon des Sables a été créé par Patrick Bauer en 1986.

Les plus grands champions de ce marathon sont les frères Mohamad et Lahcen Ahansal ; Lahcen vainqueur à dix reprises (dont 7 fois devant son frère Mohamad), Mohamad, vainqueur à 5 reprises, une première fois en 1998 puis à 4 reprises depuis que son frère ne participe plus à la course.

En 2009, le Marathon des Sables, a été perturbé par des crues inédites au Maroc. La 1^re et la 6^e étape n'ont pu avoir lieu. L'organisation, pour éviter les zones inondées, a dû improviser au jour le jour de nouvelles étapes. C'est ainsi que cette édition est rentrée dans la légende par sa 3^e étape qui aura été la plus longue jamais disputée :92 km de sable, de rocailles et de rochers... Cette étape aura même vu l'abandon de Lahcen Ahansal, qui ne gagnera pas cette année son 11^e MDS. Lors de la remise des prix, les 2 vainqueurs avoueront avoir disputé là leur plus dur MDS. C'était pourtant le plus court : 202 km.

Chaque année, le Marathon des Sables compte de plus en plus de coureurs (1013 participants en 2010) malgré la difficulté souvent croissante du parcours.